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AuToFF力场工具:分子动力学模拟前处理的系统化解决方案

分子动力学模拟已成为理解物质微观结构与动态行为的重要手段,广泛应用于材料科学、药物设计、生物大分子研究等领域。然而,在进行实际模拟之前,研究人员往往需要花费大量时间进行力场参数的准备工作。这一前处理环节不仅技术门槛高,而且涉及多个软件工具的协调使用,极易出错。

说明：本文华算科技介绍了吸附机理的基本概念，区分物理吸附与化学吸附，并从计算化学角度说明如何用DFT、能垒搜索与分子动力学等方法揭示吸附的热力学与动力学细节。文章还给出建模与验证的实践建议，帮助初学者将理论预测用于催化、传感与环境治理等实际问题。

说明：本文旨在全面阐述如何通过均方位移（MSD）计算扩散系数，针对研究人员和学生提供实用指南。文章将首先定义MSD和扩散系数的基本概念，然后探讨计算扩散系数的科学意义，接着详细描述计算步骤和方法，最后总结关键点。通过结合理论分析和实际应用，本文力求深入浅出，帮

在材料科学、电气工程以及生物医学领域，水球行为在外加电场下的变化具有重要意义。电场对水分子的影响不仅关系到液体的表面张力，还与电介质的性能、微流控技术的应用及生物细胞的电场响应等问题密切相关。因此，通过分子动力学（MD）模拟研究电场下水球行为成为一种有效且精确

本文介绍了表面张力的基本概念、影响因素以及通过模拟计算研究表面张力的方法。读者可以系统学习到表面张力在液体行为中的作用，了解分子动力学和蒙特卡洛模拟等计算方法在研究中的应用。通过阅读，读者不仅能够掌握表面张力的微观机制，还能认识到模拟计算在优化材料设计、流体力

通过阅读，您将掌握这一在原子尺度揭示分子自发有序组装过程的强大工具，学会如何利用它来研究材料形成机制、药物聚集行为或生命过程，为您在化学、材料和生物领域的科研工作提供关键的模拟方法与分析思路。

分子动力学（MD）模拟是一种基于经典力学的计算方法，通过求解牛顿运动方程，模拟分子、原子或离子在特定时间和空间中的运动轨迹。它以皮秒（10⁻¹²秒）到微秒（10⁻⁶秒）的时间分辨率和埃（10⁻¹⁰米）到纳米的空间分辨率，捕捉物质的微观动态，如分子间相互作用、扩

物理学的一个基本认知正在发生根本性转变。萨尔大学研究团队通过精密的计算机模拟发现，冰面之所以滑溜并非因为压力或摩擦导致的表面融化，而是源于分子层面的偶极相互作用。这一发现彻底推翻了詹姆斯·汤普森在近两百年前提出的经典理论，重新定义了人们对冰面摩擦机制的理解。